Die Mitgliederversammlung des Vereins Jugenbegegnungsstätte e.V. wählt den Vorstand alle zwei Jahre.

Er ist Arbeitgeber für die Mitarbeiter_innen der Jugendbegegnungsstätte, hat Kontrollfunktion und beruft den Pädagogischen Ausschuss.

Der aktuelle Vorstand (seit November 2011):

Geschäftsführender Vorstand: 

Hanskarl Protzmann (Vorsitzender), geb. 1944, Fachmann für Regional- und Stadtplanung; von 1989 bis 1995 Baudezernent der Stadt Frankfurt am Main; seit 1996 Gründer und Geschäftsführender Gesellschafter der Firma ProProjekt Projekt Management & Projektberatung GmbH.

Isolde Sonnemann (Kassiererin und stellvertretende Vorsitzende), geb.1941, früher Lehrerin und stellvertretende Schulleiterin an der Abendrealschule Frankfurt, pensioniert; seit 2003 im Vorstand des Vereins Jugendbegegnungsstätte Anne Frank und mitverantwortlich für den Infobrief, weitere ehrenamtliche Tätigkeiten bei der Telefonseelsorge und im Frankfurter Zoo.

Kooptiertes Mitglied:

Ursula Ernst, ist seit der Gründung ehrenamtlich in der Jugendbegegnungsstätte engagiert und unter anderem für die Zeitzeugengespräche verantwortlich. 

Beisitzer_innen: 

Sabena Donath, geb. 1971, Dipl. Pädagogin, 1997-2003 Leitung einer Frankfurter Jugendeinrichtung, seit 2003 freie Trainerin für Konfliktmanagement und Kommunikation sowie Gewaltprävention und Interkulturelle Kompetenz; von 2005-2009 Mitglied des geschäftsführenden Vorstandes des Vereins Jugendbegegnungsstätte Anne Frank.

Gottfried Kößler, geb. 1953, Gymnasiallehrer für Geschichte, Deutsch und Sozialkunde; stellvertretender Direktor des Fritz Bauer Instituts mit dem Schwerpunkt Pädagogik; Gründungsmitglied und langjährig im Vorstand des Vereins Jugendbegegnungsstätte Anne Frank.

Karin Stahl, geb. 1956, Lehrerin für Politik und Wirtschaft, Deutsch und ev. Religion, tätig als Rektorin a.A. am Studienseminar für Grund-, Haupt-, Real- und Förderschulen in Frankfurt am Main mit den Arbeitsschwerpunkten Politische Bildung und  Interkulturelles Lernen.

Wolf von Wolzogen, geb. 1947, Museumspädagoge und Referent für Öffentlichkeit am Historischen Museum Frankfurt; Gründungsmitglied und langjährig im Vorstand des Vereins Jugendbegegnungsstätte Anne Frank.

Mit inhaltlichen Themen beschäftigt sich der Pädagogische Ausschuss dem neben den Beisitzern als externe Expert_innen Prof. Dr. Astrid Messerschmidt sowie Dr. Wolfgang Meseth angehören.